天启四年六月，左副都御史杨涟上《二十四罪疏》攻魏忠贤。秋七月，叶向高致仕。八月，高攀龙拜左都御史。冬十月，赵南星、高攀龙引罪去，削吏部侍郎陈于廷、副都御史杨涟、佥都御史左光斗籍。十一月，韩爌致仕。十二月，复逮内阁中书汪文言下镇抚司狱。
次年，魏忠贤终于假汪文言一案再起大狱，杨涟、左光斗、魏大中等六君子入狱身死，先后杀东林朝臣数十人，东林党在朝中的势力几乎被一网而尽。
然而，事实上天启四年时东林党在朝中势力之盛，远过于一般人之想象：“东林势盛，众正盈朝。南星益搜举遗佚，布之庶位。高攀龙、杨涟、左光斗秉宪；李腾芳、陈于廷佐铨；魏大中、袁化中长科道；郑三俊、李邦华、孙居相、饶伸、王之寀辈悉置卿贰。而四司之属，邹维琏、夏嘉遇、张光前、程国祥、刘廷谏亦皆民誉。（20）”如果再加上内阁首辅叶向高，内阁大学士韩爌，以及朝臣邹元标等人，那么朝中几大要害部门几乎从上到下都是东林党人，如此强大的一股政治势力，只凭区区魏忠贤几人，是绝无法将其于短短几个月摧毁殆尽的，也不是他一个人可以抗衡的。这也是魏忠贤因傅櫆之疏第一次逮汪文言下狱后，到最后只能以释放汪文言而不了了之的主要原因。
天启四年东林党人之败，完全是败在他们自己手上，而不是败在魏忠贤手上。
败亡原因之一，便是门户之见特深，党同伐异。其排斥异己之厉害程度，几乎到了凡不是东林党人，就不是什么好人；凡和东林党政见不一致的，就必然是不正确的地步，东林党的一切，几乎成了唯一的判断标准。《明史》崔景荣、黄克缵传中，对此现象有几句话可谓说得淋漓尽致：

崔景荣、黄克缵皆不为东林所与，然特不附东林耳。方东林势盛，罗天下清流，士有落然自异者，诟谇随之矣。攻东林者，幸其近己也，而援以为重。于是中立者类不免蒙小人之玷。核人品者，乃专以与东林厚薄为轻重，岂笃论哉？

说几句公道话或者政见不同的中立者，就不免要担小人之恶名被其所攻，而人品之好坏又全以和东林关系之近远而论，这是一种何等可怖的情形。崔景荣、黄克缵、毕自严等人，只不过和东林党人在“三案”等问题上意见有所不同，便为其攻击不已；又如弹劾方从哲庇李可灼等事，凡此种种非止一端，比比皆是。正是这种举动，使得东林党丧失了大批中间派人士的支持，甚至把他们推向了对立面，无端给自己制造了不少敌人。
败亡原因之二，是行事偏颇，持论过苛、过激，导致本与东林本无大碍者最终酿成大祸。如本文所叙的阮大铖，后来苦苦讨饶却依然被攻杀十多年后，终于在弘光朝大肆报复便是一例。甚至连魏忠贤在某种程度上也可以归入此类，关于这点，东林党人夏允彝曾经有过这样一番反思：

（诸贤）咸清激操论，不无少苛，人益侧目。大珰魏忠贤阴持国柄，初亦雅意诸贤。而诸贤以其倾杀王安，弥恨恶之。周宗建、侯震旸等相继纠弹，并及客氏。客氏者，熹庙之乳母而与忠贤私为夫妇者也。上于庶务皆委不问，宫中惟忠贤、客氏为政。向高故欲调停之，而诸贤必欲逐去为快。杨琏二十四大罪之疏上，遂为不共仇（21）。

魏忠贤和王安之争，本质上只是内廷太监之间的争权夺利，并无丝毫政党、政见之异同成分在内，而当时的魏忠贤亦颇倾心于东林，盖东林实为当时朝中最大的一股政治势力，谁愿无故与其为敌哉。东林党若是纯为宗庙社稷计，则先前既能联王安，何以独不可联魏忠贤？其孜孜于王安者，实因王安先通东林，此无非亲疏之别耳。又，神宗亲自当政后虽任用内监为之虎狼天下，然太阿独持，并无内监勾通外臣把持朝政之事。明季之外臣通内，内外勾结把持朝政者，实起始于天启初东林通王安，东林开此风气之先，乃无可辩驳之事实。
然东林党人自己做得，却不容别人说得，如阮大铖因《七年合算》疏而被报复十七年之久；更不容别人和他们一样做得，如魏广微于天启二年通魏入阁，去拜见赵南星被斥为“见泉无子” 而三拒之，至于激成仇隙，此又做何解哉，谁又能谓东林党人于此无过焉？
东林之中并非无人认识到这一点，只是发展到后来他们已势单力薄，根本无力控制局面。如叶向高、邹元标、黄尊素等人，虽然凭籍位高望尊而一直努力调停东林与各方面的关系，但终因部分东林党人的固执己见而徒劳无功，陷入无可挽回之境地。而这些温和派也因其调停之举受到了来自东林党内部的攻击，甚至对他们的人品也提出了质疑，那些东林党人持论之苛激，于此可见一斑。
败亡原因之三，是东林党内部党派林立，内讧不断，因小失大。这些或争权夺利，或意气之争的内讧一起，就是连东林党这个政治集团利益都无法保证，更罔论顾及社稷宗庙了。天启四年末爆发的东林党祸，就纯粹是因一件小小的地域集团利益、个人意气之争而起的内讧而授人以柄，最终导致全军尽墨。
败亡原因之四，是东林党人对政治斗争的残酷程度之认识接近于儿戏，在政治上异常天真，几近于白痴程度。天启四年的东林党祸，本不至于如此无可挽回，然而坐镇全局最要害部位的两名主帅吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙，因对手拿他们的师生关系做文章指责其任人唯亲，被魏忠贤矫旨切责，他们为表个人之清白及气愤，竟于斗争的关键时刻弃大局于不顾而轻易求去，在他们的带动下，朝中东林大臣纷纷求去，此刻朝中东林首辅叶向高已于七月致仕归家，冢宰、总宪再一去，则朝事夫复何为？
冢宰主官员任用，魏忠贤想要安插亲信原本须得先过这关；而总宪辖朝中之言路，手持监察大棍，对手若有异动，只管抡将下去。故而此两处位置，魏忠贤及三党惮之、谋之已久，赵、高二人居然不劳对方动手把这两处拱手相让，且各处东林官员也纷纷辞职，其后果自然便是魏忠贤利用吏部遍插其党羽，再以都察院弹劾众臣大兴冤狱，此刻的东林党人等于鱼在砧上，只有徒呼奈何的份，全无抗衡还击之力了。
面对手持屠刀虎视眈眈的对手，自动放弃全部权利和武装而采取这种非暴力不合作的对抗方式，等于自己走上了砧板，其幼稚程度简直迹近儿戏，颇类稚童怄气时朝对方抿唇跺脚转身而去之撒娇情形。若对方是和他们一样尚要顾及脸面的天真文人，譬如之前与齐、浙、楚三党的斗争，那么最多去官归乡之后再依仗朝野“清议”和推举等手段东山再起，大事尚有可为。但他们这次碰上的对手却不幸是个市井无赖魏忠贤，其人包容并蓄联合一切可联合的人士，只要不是东林党，甚至是东林党的动摇分子也一概招揽，而且完全不畏惧什么士人“清议”，一旦决裂就全然不顾脸面抓住一切机会痛下杀手，这一切大出东林党之意料，以至毫无还手之力而一败涂地。
说穿了，这实际是两种游戏规则的较量。
在之前，东林党以及三党遵循的都是同一种游戏规则，也就是文人们的政治游戏规则，他们讲脸面，要争取舆论的支持，一旦被主流舆论所不容就自动下台，或者以德高望重的身份而做辞职的姿态相要挟等等，其最终的胜负是以舆论倒向那一方为标准，这是一种君子之间的游戏，争的是个是非曲直，而这种游戏规则的基础，则是廉耻和道德。
魏忠贤一开始也遵循了这种游戏规则，因为他不懂朝堂上玩游戏的规矩，所以他小心翼翼地跟在东林党后面按照一贯的游戏规则玩。可问题在于人家不但不理他不和他玩，还非要赶他出局，于是他恢复了市井无赖的本色，遵循完全无视道德一切靠拳头说话的丛林法则，我管你什么舆论不舆论的，逆我者亡顺我者昌，凡和我做对头的一概杀头，我看还有谁敢说个“不”字。这是动物之间的生存法则，争的是生存的权利，这种游戏规则的基础，是谁拥有可以杀人的刀。
在这种只判生死的游戏规则下，大部分官员纷纷抛弃了廉耻和道德，至少是抛弃了一部分做出了妥协，以求生存。魏忠贤的丛林法则，最终战胜了文人们的规则，于是东林党一败涂地。

东林诸公，于文章学问以及私德立身等方面固然令人景仰，但其党同伐异和苛激的政治态度，以及对政治斗争之认识的天真等等缺陷，使得他们在明季政局以及社稷兴亡中所起的作用，实在无法令人如同对他们私德一般景仰，更无法令人恭维。